Program WAPRO FAKTURKA w pełni współpracuje z programami do księgowości Asseco WAPRO – WAPRO KAPER oraz WAPRO FAKIR umożliwiając eksport danych do tych aplikacji. Program WAPRO MAG posiada zewnętrzny konwerter danych z programu WAPRO FAKTURKA, gdyby użytkownikowi przestały wystarczać funkcjonalności dostępne w programie WAPRO FAKTURKA i chciałby przenieść dane do programu WAPRO MAG. Z pomocą konwertera możemy przenieść kartotekę kontrahentów, kartotekę towarów i usług, kategorie asortymentowe i nierozliczone rozrachunki. Program WAPRO FAKTURKA współpracuje również z programem do generowania oraz wysyłania plików JPK - WAPRO JPK, którego wariant BIZNES jest zawsze dostępny do pobrania bezpłatnie przez posiadaczy aktualnej wersji programu.